献帝将两论的命令颁布下去，众朝臣的奏章慢慢汇了上来。吴昱和献帝一同观览。
对于朝政得失，不乏一些尊贤斥佞的空论。但荀彧张昭程昱枣祗等人的论点，颇得要害而各有侧重。
程昱梁明毛玠等从人才来源与构成方面多有阐述，他们认为国家的混乱乃是察举制这种选拔人才的方式已经被门阀所把持，门阀势力控制人才，容易形成党派。因此改革人才制度势在必行。
荀彧张昭二人则是从政治制度设计出发。他们认为三公九卿制乃至相国太傅大将军等人，权势太重，又皆开府自行招纳人才，这样势必造成君主与权臣的矛盾，从而引发君主为抗衡权臣不得不寄希望于宦官，以宦官为爪牙，压制权臣名士，势必会造成政治黑暗君主昏庸的表象，进而被压制的权臣结党营私，以私为公。应该尽罢太傅三公及大将军开府的权利，政治皆由中出，即皆有尚书台制定政策颁布法令，亦有尚书台进行实施。
这是两位对吴昱不设三公九卿但留尚书台为执政之枢的反思。
枣祗刘馥则言民为本，应行富民强兵之道，建议大力推行屯田，兴修水利，改善耕作工具等。
满宠则云国之乱在法令不行。门阀世家依权势而乱法，地方政府碍于其势不敢责罚，甚至官官相护，以致民生遭殃，国家混乱。
汉献帝和吴昱深以为是，两人纳谏如流，吴昱立刻到尚书台颁布法令，整顿吏治。
人才方面在三辅地区推行察举和科举并行的人才选拔制度，兴办官学，并实行自荐制，科举方面有礼部实施。
民生方面，命刘馥勘察关中水文条件，兴修水利。命韩浩任峻迁部分关东之民进行屯田。命马钧改进翻车灌溉田亩，改进农具，使用畜力耕作。实行服役有偿制，给予服役之人一定的酬劳。
吏治方面，命毛玠考核在职官吏，着刑部满宠、司隶校尉长史李儒二人纠察百官及有乱民者。凡郡中有犯法者，皆罚其地亩以为屯田。
官制体制上，明确废除开府制度。实行尚书台执政制度。
又接受甄尧建议，进行税收改革，推行摊丁入亩，按田亩缴纳税收，行管仲之政，收取商业税，并在户部特设贾曹，管理商人及颁布商业法令，命甄尧为贾曹郎，负责具体事务，张世平苏双二人进行国家商业行为。
内政方面的政策实施下去，效果良好。吴昱相信，如此下去，关中地区又必将成为富饶之乡。
对于关东乱局，大多继承董卓的思维，朝廷派出州牧官员以乱关东诸侯的布局。然而荀彧和梁习二人极力反对。荀彧以为与其朝廷派出官员不如因势利导，先承认关东诸侯的合法性，给新造的汉室以时间，西定西凉，解除后顾之忧，然后再分化诸侯各个击破，这是秦朝一统之策。
贾习亦认为中央派出官吏即不能改变现实，又会开罪与关东诸侯，如果关东诸侯都不承认长安诸侯，新造的朝廷又有什么优势可言。而且派遣官员，只会让关东诸侯相互攻伐更甚，大鱼吃小鱼，最终形成可以对抗中央朝廷的大的军阀势力。不如因而予之，让关东诸君各守其地，不得擅自征伐。谁擅自开展，便是违法，如此，中央便可以威行天下。如此而成汉景帝制七国之势。
吴昱大喜，深以为是，征得汉献帝的同意，吴昱便与梁习荀彧二人商议如何分封。最终结果是袁绍为冀州牧，曹操为兖州牧，刘焉为益州牧，刘表为荆州牧，徐州牧陶谦，刘备是后补。至于幽州，吴昱打算召回刘虞，把幽州给公孙瓒，让其名正言顺的抵抗袁绍的进攻。青州，吴昱暂时没有人员，不过孔融成不了事，必须把他弄回朝。臧洪虽然有才能，但和袁绍关系密切，鲍信也不行，他和曹操穿一条裤子。至于刘备，在青州根本就混不来，不过臧霸此人或许，吴昱暗暗有了计较。至于扬州，吴昱打算将其分为两部，一部江南，一部江北淮南地区。江南吴昱自不会便宜孙策，淮南地区袁术就算了吧。至于凉州地区。吴昱分分混乱之地为雍州，打算给马腾，至于韩遂那货，就让他争去吧。
吴昱将这些想法说给献帝，汉献帝岁数还小，不过十余岁，有些东西还理解不了。但看着吴昱和蔼忠心的样子，心中便有一种安全感。全不似董卓董旻乃至王允那个样子，这让他想起了一个人，人中吕布，一样曾给自己安全感的男人。只不过那个人兵败后独自逃走，把自己撇在这里受罪。
吴昱说的这些，他似懂非懂。但是他相信吴昱。这些年来颠沛流离，作为皇帝，却没有一个人尊重自己，与自己商量朝政。唯有吴昱，如此诚恳谦逊。或许世上真的有周公似的人物。
于是二话没说，当即答应下来，并将此事全权交给吴昱处理。吴昱一懵，转念一想，便已了然，随即口程谢恩告退。
刚要退出宫殿，突然想起一事，便又折回。刘协见了，忙问何事？
吴昱想了想道：“青州黄巾势大，攻破兖州郡县，兖州刺史刘岱战死。我想顺河水而下，一路向东，平定黄巾。这段时间还请陛下主政。”
刘协闻言，双眼睁得老大，不可置信的看着吴昱道：“你你想让朕主政？”
吴昱见到刘协反应剧烈，忙道：“陛下放心，我已托付荀彧、张昭二人辅佐陛下。此二人忠贞为国，才德兼备，内政可保万无一失。若西面有敌，只需坚守以待我回即可！”
刘协看着缓缓而退的吴昱，丈二摸不着头脑。难道他就不怕自己趁机夺了权？难道就不怕自己杀了他？
刘协想起吴昱第一次觐见自己时说的话：“如果陛下想中兴，恢复祖宗基业，就必须用我。纵观天下，唯有我能为陛下取之。”
再想想自己偷偷召见荀彧时给自己说的话：“臣观天下英豪，唯吴破之可以托身，唯吴破之可以寄天下。”
刘协紧了紧拳头，望着吴昱渐远的背影，暗自道了句：“卿不负我，我不负卿。”