使者来到碣石，见卢生跑了，抓住几个无关紧要的审问，他们就说了前面的话。使者只好把这些人带回咸阳。秦始皇听说卢生逃走时诅咒他，勃然大怒，道：“朕招募方术之士，无非是让他们替朕寻找长生之术，多年过去了，国家耗费了数以亿计的钱财，徐福拐走数千名童男童女，茅盈劝朕修建兰池，现在卢生又冒犯朕，使天下人指责朕的过失。这些术士实在是可恶至极！”李斯对方术之士早就不满，又因为他主张焚书，咸阳的读书人也都痛骂他，就趁机进言道：“陛下，臣已经调查过了，这些方术之士，他们个个刁钻奸诈，不学无术，只会用歪门邪道来骗取钱财，并不是真心替陛下求福。可恨的是他们还与咸阳的众儒生混在一起，大肆谤政，谩骂朝廷，惑乱人心。此现象比以前尤为严重，这些人对朝廷的禁令真是无动于衷啊！尤其是朝廷焚书之后，咸阳的文学士子们公然聚在一起，不管在大听广众之下，还是在胡同小巷，整天大发牢骚，痛骂朝廷，诅咒陛下，有人还企图煽动人们起来造反。卢生的话和他们如出一辙，请陛下纳臣之谏，立即制止这种事情，别让竖子们乱了法度啊！”李斯还搜罗了许多证人作证。
秦始皇知道这些事情后勃然大怒，道：“朕招募文学之士，就是为了让他们建言献策，谋求太平，他们却和术士们勾结在一起，谤政辱朕，图谋不轨！”于是即刻下诏，把咸阳所有的方术之士和学习百家的儒生全部抓来问罪，就有七八百人。掌管监狱的官员为了显示才能，对他们严刑逼供，动用刑具。这些人当中，确实也有很多人跟据自己的观点议论过朝政，官员就把人名一一上报。秦始皇心想：全国的典籍都烧了，读书人还可以用他们的学问来评价时政，若是把他们也杀了，谤政之风就一定会停止。就问李斯：“违犯禁令的人很多，应该怎么处治？”李斯道：“周朝的时候，人们纷纷著书立说，向君主表达治国的观点，称为贤人。现在国家统一了，法律和各项制度也统一了，人们的思想和言行也应该统一。焚书之前，朝廷就已下令：有妄议朝政和谈论诗、书即百家语的，全部治罪，现在应该按照诏令执行。”秦始皇就把违犯禁令的四百六十多人全部定为死罪，并且通令全国，立即停止言论自由。这样，自春秋战国以来社会各阶层兴起的贤哲名儒著述立说，百家争鸣的局面就到此结束了。
秦始皇焚毁诗书，又要杀读书人，怕朝廷的学者不安，一日就召集博士，试探着问：“朕听说五帝实行禅让制，而夏商周三代的君王实行世袭制，朕应该如何传承王位呢？”众博士怕招来灾祸，都不敢说话。博士鲍白令之上前道：“陛下想以天下为公，就应该实行禅让制度，想以天下为私，就实行世袭制度。五帝是以天下为公有，三王是以天下为私有。”秦始皇仰天长叹道：“朕德高三皇，功过五帝，当然是实行禅让制了，谁人可以在朕之后接替天下呢？”鲍白令之看出了秦始皇的真实想法，就直言不讳道：“陛下行桀、纣之道，推行暴政，想实行五帝的让贤制度，不是本意啊！”秦始皇闻言大怒，道：“狂徒，竟敢诅咒朕？你凭什么说朕行的是桀、纣之道？快说来听，不然就杀了你！”鲍白令之不慌不忙地说：“陛下修建上接云霄的射雁台，又修建连绵五里的阿房宫，在殿前铸造重达千石的大钟鼓，万石的钟鼓架。你又开凿大陵，挖到地下千丈深；建宫室，从雍门往东长达三百里。宫娥嫔妃成千上万，歌舞杂技艺人充满宫室。陛下为自己一人之欢而耗尽天下的资财，偏颇自私而竭尽了全国的民力，您岂能与五帝比德，又怎能以天下为公有啊？陛下说出这话，真是大言不惭啊？”秦始皇听了这话，气得怒发冲冠。
众博士吓得魂不附体，认为鲍白令之该遭殃了，可是过了老半天，秦始皇却道：“令之这话，是让朕在众人面前出丑。朕不行禅让，就该行世袭。那你说说，朕的皇子中，哪一个能做继承人？”鲍白令之道：“扶苏为人贤孝仁慈，又是长子，难道不是合适的人选吗？”秦始皇心想：扶苏确实是唯一的人选，不过他过于仁弱，又无勋劳于国，立为太子岂能服众？应该找机会让他在大风大浪中历练一番。这时就有一人突然闯进宫来，口中大叫：“陛下，不可以啊！不可以！”众人大吃一惊，一起抬头向殿门口望去。
只见扶苏疾步来到秦皇帝的面前，跪地祈求道：“陛下，国家安定没几年，六国的百姓尚未归附啊！”秦始皇道：“你小子想说什么？”扶苏道：“听说陛下要杀读书人，他们都是圣贤之徒，犯了何罪？非要杀掉他们？儿臣担心此举将会失掉民心啊！”众人非常震惊，都想刚才鲍白令之冲撞了龙颜，现在扶苏又来批逆鳞，都替他捏一把汗。秦始皇却漫不经心地道：“这群读书人实在是可恶，竟然和方术之士勾结，无视朕威，妄议朝政，你替他们求情，真是糊涂！”扶苏道：“陛下，术士可恶，实实可杀！可儒生无辜，杀之不祥啊！儿臣只是替众儒生求情，请陛下赦免他们吧！”秦始皇呵斥道：“你小子懂什么？朕下达焚书令时，有言在先：有谁聚在一起谈论诗、书，百家语的就要处死；敢诽谤朝政，妄议国事的就要满门抄斩。现在不诛连他们的家人，就已经是仁至义尽，而这些狂徒公然无视朕威，胡乱谤政，不杀他们，何以服众？你小子既不懂治国之术，又不知孝道，竟然来此教训朕？你现在带上朕的诏令，即刻离京，到北方去做蒙恬的监军，修建大道，朕要视察北方。没有朕的诏令，你不得善自入京！”言毕，即刻让人写了一道诏令，遣送公子出京。扶苏见此，大惊失色。
秦始皇痛恨徐福害得百姓骨肉分离，又气恼茅盈欺骗了他，卢生诅咒了他，还有众儒生乱骂朝政，一气之下就把他们全部处死。这些人中，大部分是方术之士，也有少数极端仇秦者，还有一些是爱发牢骚，没有真才实学的酸儒，圣贤之徒占少数，总共四百六十多人，可谓良莠不齐，鱼龙混杂，现在没人能救得了他们，都被秦军驱赶出城，押往渭水之滨的洪坑沟行刑。
就在众人被押出城的时候，有一位年轻的女子站在路边，望着队伍中的丈夫哀伤痛哭。这时秦始皇正好出城观看，听到哭声就叫停车。下车后便走到那女子的身边愤声道：“你为谁而泣？”女子道：“夫君胡胜。”始皇道：“知道他人犯禁而不检举是同罪，你可知罪？”女子回答：“小女子听说实行德政的君王就像北斗星，坐在自己的位置上，众星朝着他。君王为了杀掉这些手无寸铁的弱者，而亲自大驾光临，您让众人如何仰视？”秦始皇闻言大惊，诧异地看着女子道：“秦国素来以法治民，他们都是犯禁者，应该处死，这有异议吗？”女子回答：“君王知道禾苗和雨露的关系吗？”秦始皇道：“此话怎讲？”女子答道：“七八月间，禾苗枯槁，冬天时死亡，可当来年春风吹来之时，天公油然作雨，禾苗又蓬勃生长。如果君王施仁爱于百姓，就像天降甘霖于禾苗，这样君王就无敌了。”秦始皇面带肃然之色，道：“朕以法来衡量世间的一切，如果抛弃法理，而改用仁义，就不是以身作则，又如何做天下的表率？”女子回答：“左右的人都说这个人可杀，不要听；诸大臣都说杀，还是不要听，国人都说杀，君王再仔细考察一番，发现却有可杀之罪，然后杀之。所以说这个人是国人杀的，如此才可做万民之父母。”秦始皇面带愧色，沉思良久又道：“朕定法在前，而法是国人遵守的准则，现在朕如果听从你的话而赦免你丈夫，就是徇私枉法，法律不就成了一纸空文。朕将如何面对天下百姓？”女子道：“小女子听说：桀、纣之所以失天下，是因为失去了百姓；所谓的失去了百姓，就是失去了人心。得天下是有方法的，方法就是得到民心，得了民心就得天下。请陛下明察！”秦始皇听了这话，非常敬佩她，就问：“你是谁家的女子？”有人回答：“她就是李丞相的小女儿李灿。”
秦始皇大惊失色，道：“朕可以赦免你的丈夫。”忽然身后有人高声道：“王子犯法与庶民同罪，更何况是臣的女婿！陛下今天能赦免一人，天下之人将会认为您徇情枉法！”秦始皇回头一看，正是李斯。李斯上前道：“按照陛下的诏令，有人犯禁，若不检举者同罪。现在臣治家不严，以致于臣的女婿也敢犯禁，不仅要治罪，他的妻子也不例外！”李灿听了这话，几乎昏倒。秦始皇对李斯道：“丞相养了个好女儿，她不能没有丈夫！”李斯道：“陛下若是爱护百姓，就应该修明刑罚。臣听说晋文公从前召集诸侯大夫于侍千宫，可是他的一位宠臣颠颉迟到了，大臣们就问该怎么处治。文公说杀了他。监斩官就斩了颠颉，并且拿他向国人示众。晋国人从此胆战心惊地道：‘颠颉如此受宠，都被正法了，何况我们！’后来文公发兵攻打曹国和五鹿，军队接连获胜，又打塌了郑国的城墙，把卫国的田地改为东西垅，后来与楚国决战，取得城濮大捷。他命令三军前进，将士们就像水往坡下流一样快；他命令三军停止，将士们就像斩断了双脚一样立刻停下。三军将士没有一人敢违抗，就是这么一次借故行刑的缘故，他把重刑加在轻刑犯的身上，晋国从此就大治了。还有周公旦杀了管叔，流放了霍叔，天下人都说：‘亲兄弟有了罪都不能免刑，何况疏远的人！’当周公旦的刀锯加于朝廷之上时，国家也就大治了，所以说修明刑罚的道路可以达到不用刑罚。今天陛下能杀臣之婿，天下人会说：陛下执法，丞相之婿都不赦免，何况别人。如此，秦国的大治就在眼前了，请陛下明察。”秦始皇听了这番话，只好让人把胡胜带走。
扶苏当日拿着诏令出宫后，哭着回到家中，向母亲说明情况，又留下几名心腹，探察父皇把那些读书人究竟怎样处置，然后带上数十名随从离开咸阳，向北迤逦而行。他迈着沉重的步伐，马也不骑，满脑子想着近年来发生在咸阳的一些事情。走了一个时辰，忽然身后有人大叫：“公子，公子！”扶苏漠然回头，原来是自己心腹们回来了。扶苏平素为人仁孝贤德，他尽管知道父皇要杀儒生，但从心里还是有点不相信。这不，派出去的几个人回来了，听听他们怎么说。只见那几个人声色慌张，满脸恐惧地跳下马来，跪在扶苏的面前，几乎用哭腔道：“公子，陛下已经下令，把那四百多人全部在渭水河畔给活埋了！”扶苏一听，惊得浑身打颤，忙问详情。心腹道：“我们奉您的命令，在城外等侯，陛下就下令将那四百六十多人全部赶往洪坑沟坑杀。我们几个偷偷地跟了去，爬到谷坡上偷看，看见儒生们都被驱赶在沟底，一声号炮过后，谷口两旁的山坡上木排扯起，土石滑下，就将谷口封死了，把守谷口的甲士又用箭射，他们那里能逃得出来。一时间，哭声动地，山鸣谷应，一会儿，哭声就听不见了。公子，那场面可真是惨烈啊！”
扶苏听完，扑腾一声跪在地上，面朝咸阳，大放悲声道：“苍天呀，苍天！你为何如此残酷地惩罚我大秦国啊？”一声苍天，声泪俱下……忽然一阵大风吹来，沙尘无情的吹打在他的脸上，左右的人急忙用身体给扶苏挡风。扶苏就用袖子遮住脸，爬起身来踉跄着爬上了马背，头也不回向北而去。
后人就把坑杀儒生的坑沟称为‘坑儒谷’