苏峻与太宁二年王敦之乱中平乱有功，威望日隆，且手握精兵，武器精良，变的骄纵，收容亡命之徒，隐匿逃犯。中书令庾亮诛灭意图叛乱的南顿王司马宗，其党羽卞咸的哥哥卞阐逃到苏峻处，庾亮让其送还，苏峻并未听命，认为其会引发祸乱，于是固执的坚持己见以明升暗降的手段欲夺其兵权，从而逼反了苏峻，苏峻同时联合了，对朝廷已经心怀不满的祖约联手讨伐庾亮，祖约也是不顾部下的劝阻，派侄儿祖涣与女婿许柳合兵一处，正式起兵。
温峤此前在苏峻为受命下，打算率兵保卫建康，以防苏峻起兵，庾亮不许，之后的一些抵抗策略也都被庾亮否定了，导致朝廷大军节节败退，丹杨令羊曼、黄门侍郎周导、庐江太守陶瞻、卞壶皆战死，大军已经组织不起抵抗，庾亮于是带着三个弟弟和其他兵将逃往浔阳。①
之后庾亮与温峤一块商议讨伐苏峻，俩人互推盟主皆辞，后推荐征西大将军陶侃，接着联络各方将领共同讨伐苏峻、祖约。之后两军相持不下，苏峻则分派诸将四处攻掠，群情恐惧。与此同时，晋军大将毛宝打败祖涣，攻占合肥，寿春也被羯赵攻占，苏祖联军实力大损，但依旧不落下风。但是战局却颇具戏剧性的发生了根本性的转变。
温峤与赵胤与盘踞石头城的苏峻对垒，他们听说陶侃大军已经挺进石头城②，于是胆子就肥了，派出一万步兵出战，苏峻看了毫不畏惧，立刻领八千精兵出战。苏峻自然没将这些人放在眼里，边饮酒边战，初战苏峻的儿子苏硕勇猛异常，率领十几名亲兵反复冲杀，杀退温峤大军大乱。苏峻看到自己儿子那么勇猛，心里美滋滋的，喝了不少的酒，喝的醉醺醺的却吧愿甘居儿子之后，于是单骑纵马冲向了敌军，也许苏峻忘了招呼手下，加上自己的坐骑本来就是快马，所以都没人跟上去，一看手下没跟上来，马上调转马头，返回白木坡，结果因为喝醉的原因坠马，而此时陶侃部将彭世和李千早已发现他就是苏峻，于是投掷长矛，苏峻被杀，讨伐军士气大盛，苏峻军很快溃散。
苏峻军之后在任让主持下，立苏逸为主，闭城自守。于是讨伐军展开反攻，管商等人向庾亮投降，温峤设立行台③，命全国而千石以下故吏到台。后陆晔和尚书左仆射陆玩游说匡术而降，而右卫将军刘超侍中钟雅等人则密谋带走晋成帝，投奔陶侃军，但计谋泄露，苏逸于是派任让入宫收捕二人，成帝抱着二人哭着说：“还我侍中、右卫！”不过任让还是带走并杀害了二人。赵银还派遣甘苗攻击历阳的祖约，祖约连夜带数百人逃往北方，之后历阳投降。讨伐军向石头城进攻，大破苏逸之众。温峤临阵斩苏硕，晋西军又击杀苏逸，晋成帝乘机逃出宫城，投奔温峤，诸臣见帝，顿首号泣。随后杀叛臣西阳王司马漾并其二子及彭城王司马雄。先前杀晋将刘超和侍中钟雅的任让亦被成帝处死。叛军将领张健、韩晃、马雄一路难逃，获报被诛杀。至此，苏峻、祖约叛乱全部平定。
苏峻、祖约乱平后，建康被毁严重。温峤欲迁都豫章④，三吴之豪奏迁于会稽⑤，双方争论激烈。司徒王导以为“建康王者之宅”，今特宜镇之以静”，群情自安，于是迁都之议平息，建康仍为东晋都城。之后大赏群臣。陶侃因功大为侍中、太尉、封长沙郡公；郗鉴为侍中、司空、南昌县公；温峤为骠骑将军、开府议同三司，加散骑常侍、始安郡分；陆晔进爵江陵公，其余赐爵侯、伯、子、男者甚多。卞壶、桓彝、刘超、钟雅等死难者均加赠恤。陶侃移镇巴陵⑥，温峤还镇武昌⑦。庾亮复与成帝相见，泥首谢罪，求外镇自效，于是出任豫州刺史，领宣城内史，镇守芜湖⑧。与此同时，参与苏峻叛乱的路永、匡术、贾宁等人中途叛峻归朝，赦其罪不治，湘州刺史卞敦在苏峻叛乱中首鼠两端，受到朝廷冷落，忧愧而死。
注1：浔阳即九江
注2：石头城最先筑于楚威王七年，东汉建安十六年，吴国孙权迁至秣陵（今南京），在石头山金陵邑原址筑城，取名石头城。有“东吴第一军事要塞”之称。
注3：行台，尚书台（省）临时在外设置的分支机构。
注4：豫章即南昌
注5：会稽各朝代有部分变迁，东晋辖境大致相当于今绍兴市、宁波市除宁海、象山的其余地区及杭州市萧山区一带。
注6：巴陵即岳阳
注7：国时孙权在今鄂城建都，名武昌，不久在现在的蛇山筑城，称夏口，后晋朝将江夏郡改为武昌郡，故非今之武昌
注8：芜湖，安徽省境内。